早在十四世紀以前,除了世居於馬尼拉的菲律賓土著外,華人移民把它建設成一個港口,來自南方的穆斯林,也在此做起了買賣奴隸的營生。
然而當一五七一年,原本佔領宿霧(Cebu)的西班牙人,發現馬尼拉的地理位置遠比菲律賓任何地方都要優越時,他們立刻揮軍北上,控制菲律賓的土著,趕走頑強的穆斯林,強迫勤奮的華人為他們建築王城(Intramuros)。這個一度被厚達十公尺的磚牆所圍繞的城池,鵝卵石鋪成的小徑,護城河,正是數百年前,馬尼拉最初發跡的所在。
由於馬尼拉灣是個難得的良港,西班牙人便以它做為向菲律賓中、北部擴張的基地,以及繼續向遠東傳教的總部,同時在海權時代的貿易背景下,它也成為與西班牙在美洲的殖民地阿卡普爾科港(Acapulco位在墨西哥)對開的港口之一,馬尼拉以港口城市之姿,首度走入世界!
從一五六五年起,除了來自中國、印度等其他地區的船隻外,每年至少都會有兩艘貿易大帆船,從遙遠的中美洲駛來,再從馬尼拉返航。每當大船停泊靠岸,三個月沒見到陸地的船員與一擁而上的小販,總讓風平浪靜的馬尼拉灣,頓時沸騰了起來。
西班牙人在漫長三百多年的歲月中,最大的影響,是透過天主教的傳播,徹底地改變了菲律賓人的信仰。即使西班牙人走了,影響力還是透過天主教的信仰留了下來。馬尼拉亦因教堂林立而博得「遠東梵蒂岡」的美名。